支线任务5：死神兵营(Reaper Barracks)
走出电梯到走廊，从地上拾取文本记录(音频日志4)。打开前方的栅门继续走，地上到处是被砍下的头颅，在墙角拾取文本记录(音频日志5)。
开门进到控制室，解决掉僵尸和寄生虫子，从桌上拾取文本记录(音频日志6)。往右边的平台走，爬竖梯下到底层，这里有移动的活塞机构，朝它释放静滞穿越过去。从放置人头的箱子上拾取伤害支持(武器部件3)，然后绕到后面的通道，从壁柜里拿升级芯片(4)。找竖梯爬到上层平台，开门进到凌乱的寝室，进到工作台右边的小屋，拾取地球政府(人工制品2)。
外面的走廊有激光绊雷，开枪或用念力扔杂物过去引爆。进到有电影放映机的屋子，找到黄色的物资箱拿取满堂彩(制造蓝图2)、重型精锐框架、轨道加速器(武器部件4、5)和备用零件箱。
从屋里的尸体旁拾取死神军官钥匙，解决掉出现的大批怪物，在后面找到一道关闭的门，接通电路进到冰窖，悬吊着很多捆缚的尸体，在后面的壁柜里拿取升级芯片(5)。收集完毕，返回主线任务。
二：古生物学区
回到主线，进到古生物学区。被生物覆盖的走廊，解决掉那些孢子生物。走到末端拿到控制箱了盖板，用念力启动它，跑到走廊另一端的控制室操作释放毒气，走廊里的生物被一扫而光。在控制室的后面壁柜，拾取升级芯片(6)。
进到原本被覆盖的门，屋里的架子上有很多的动物标本。清完小怪，到右边的绘图板上拾取外星文物(人工制品3)。沿右墙继续走，听取录音记录(音频日志7)。在门左墙壁拿到罗赛塔标本(3/4)，将它置入右边的分拣系统里，送往艾莉所在的实验室。
三：地质学区
离开古生物学区，外面的空中巡逻着丹尼克的炮舰，躲避探照灯。返回到生物学区，来到通往地质学区的外部通道。
从灯柱下的箱子上拾取裂解核心，它是第15章节需要的第一个武器部件，不计入本章收集。往右进入山坳，在里端拾取完全变焦瞄准镜(武器部件6)。来到有很多大货箱的货场，清完怪物奔向那道绿色的门，这道门和支线任务“垃圾处理服务区”相关，记住这里。在门左边柱子后拾取统一教圣物(人工制品4)。
乘货运电梯来到上层，这里有很多的箱子和冰块，清掉躲迷藏的怪物，跑到右侧的箱子后拾取地球政府(人工制品5)。
进到地质学区的建筑，大厅里有很多冻着标本的冰块，往左边墙角壁柜拿升级芯片(7)。往穿过一道门，从右侧架子上拾取垃圾处理服务区钥匙，解锁支线任务“垃圾处理服务区”。前方是一道钮矩门，在工作台制作钨质扭矩杆开启它，进去拿取炽热屠杀(制造蓝图3)和地球政府框架(武器部件7)。现在退出地质学区建筑，做一下支线任务。
支线任务6：垃圾处理服务区(Disposal Service)
进到垃圾处理服务区的建筑，乘电梯到地下室，前面还有两部电梯，乘左边的电梯继续下行，来到车间清怪后沿斜坡跑到底层，往右边的桌子拿文本记录(音频日志8)。穿出大门到工程大厅02，杀掉两只自爆怪，乘电梯上行到垃圾处理大厅。
爬竖梯到天桥，穿门找到垃圾处理电梯，接通电路开门。前方是一座机械桥，现在是断开状态。爬竖梯到底部，右转找到壁柜拿升级芯片(8)。接下来解决电路谜题，将上方的机械桥接通。
乘电梯下行到入口大厅，爬竖梯到底层，穿过几道门到建造室大厅的二层，用念力转动对岸开关接通机械桥，清完怪物进到建造办公室，这里有工作台。往前是中央室，从桌上拾取文本记录(音频日志9)。这里有道钮矩门，里面的仓库里有备用零件箱，从壁柜里拿升级芯片(9)，从架子上拿完全变焦瞄准镜(武器部件8)。由中央室乘电梯上行，进到安保部门，这里有个工作台。
进到屋里从屋角的桌子拾取文本记录(音频日志10)，往前到储存库，呼叫电梯后展开恶战，清完所有怪物从黄色物资箱里拿取精密端口(武器部件9)、弹药清扫器(武器部件10)、压缩器(武器部件11)、锥形发射器(武器部件12)。离开前搜索房间一侧的壁室，从地上拾取地球政府(人工制器6)。本支线完结，返回主线任务。
回到主线任务，由地质学区那个钮矩门旁边的门进去，地上有很多的激光射线，碰到会伤血，用念力移动石块来阻隔它们，一层层行前。到屋子另一端拿到罗赛塔标本(4/4)，再原路移回来，将它置入分拣系统送回实验室。原路返回到实验室，本章节结束。
第十五章：改变命运(Change of Fortune)
武器部件：2
回到实验室，要将罗赛塔的标本切片进行排序。在装配线上共有九块样本，背对门口，面对装配线，从左至右为1-9号，用念力进行排序，步骤如下：
1：将第2号标本插入第8格空档。
2：将第3号标本插入第7格空档。
3：将第6号标本插入第2格空档。
2：将第6号标本插入第3格空档。
2：将第5号标本插入第6格空档。
完成后将标本组装到一起，发现罗赛塔是一具外星人的遗体，透过脑神经残存的信息得知卫星是神印信号的来源，外星人建造了远古机器是用来冻结这座行星的。这时统一教的丹尼克赶到抢走了译码器，如果关掉远古机器，所有的东西都会融化。
丹尼克带着译码器逃走，实验室里弥漫起的毒气，沾到的话会被毒死。此时快速绕着那个标本装配线走，从罗赛塔的左边走，速度要快，否则毒气会阻住通路。到达出口平台和卡沃尔会合，调查里端的控制板，这时艾莉被毒气困住，此时狂按E键关闭舱门，将她丢在了实验室，否则玩家们只有一起死。
跑过走廊进到电梯，出来后沿着导航走，来到外面遭遇两名发射火箭弹的统一教徒，看到淡淡的影子就射，往前清理更多的士兵和怪物，空中出现直升机，跑进燃烧着火焰的走廊，进到屋里是警卫室，从桌上拾取火焰釉层(武器部件2)。注意裂解核心(武器部件1)在第十四章取得。
来到后面院落交战，清完往前走，这时身后的屋顶有两名火箭兵，优先解决掉。解锁电路开门进走廊，本章节结束。
第十六章：地底之谜(What Lies Below)
音频日志：1
武器部件：4
制造蓝图：1
升级芯片：1
望到丹尼克逃跑的身影，他乘坐一部升降梯沿竖井下去，使用竖井边缘的设备进行索降，沿着井壁往下跑，清理沿途出现的小怪。落身到平台清场完毕，乘电梯下行，出来跑到平台末端从箱子上拿重型S.C.A.F.框架(武器部件1)。
继续索降，途中要解决掉前方出现的敌兵，在两侧平台上有炸药，引爆它们杀掉附近的士兵，注意在第三道有炸药的平台上有闪闪发光的东西，用念力抓取轨道加速器(武器部件2)。落身到平台找掩体藏身，射杀对面的敌人。往右进门，从左边的架子上拾取保险装置(武器部件3)，往前玩迷你游戏解锁大门，里边有工作台和防护服站，在左边桌上听取录音记录(音频日志1)，在出口旁边的壁柜拿升级芯片(1)。
来到外面遇到感染变异的士兵，解决掉后继续索降，先解决掉升降机上的士兵，随后清掉汹涌而来的自爆虫子，随后爬上来一只大怪物，退后射击，不久它会跳落下去，被一群虫子围困，它们两败俱伤。落身到平台，往右走拾取刺钉枪(制造蓝图1)，继续走到左边拾取重型标准框架(武器部件4)。
进到建筑找到一道竖井，继续索降，途中会遇到两只巨型怪物，退后射落，再清掉披 上来的大量自爆虫子。往前是一道高速旋转的风扇，用静滞能力来减缓它的转速，从间隙通过。绳索被风扇缠住，按E键解脱束缚，落身到一间屋子里，本章节结束。
第十七章：奇异城市(A Strange City)
人工制品：4
音频日志：7
武器部件：2
升级芯片：10
在开始的房间调查角落工作台左边角落拾取外星文物(人工制品1)，启动发电机开门，在隔壁黑板上拾取文本记录(音频日志1)。打开墙边的开关播放一段影片，介绍远古机器其实是用来摧毁卫星的，只要正确的设置即可。
离开的门需要输入密码，密码如下图：
来到外面看到宏伟的外星城市，远处的巨塔发射着绿色的光芒，那就是外星人所建造的远古机器。在这里，主角和卡沃尔交心倾谈，然后分头行动。沿斜坡走下去，前方有左右两条路线，左边是一道关闭的大门，先往右转，用念力抓取墙角的升级芯片(1)。打开前面的铁箱子，从里面拿到一块电路板，将它放到左边路线的大门卡槽里，大门被炸药破开。
往前再次看到丹尼克的身影，继续前行，在脚手架下方拾取统一教圣物(人工制品2)，按照本攻略收集道具的话，此时拿全所有统一教圣物，解锁统一教芯片组。开铁箱拿到电路板，用它炸开前方的两道障碍，结果地面陷落，艾萨克抢到丹尼克手里的译码器，掉落到下方的洞穴里。
往前杀敌，在T形路口先往左转，前面是一部电梯，玩迷你游戏接通电源，到右边桌子上听取录音记录(音频日志2)，解锁支线任务“文物储藏室”，乘电梯到地下室完成这个支线。
支线任务：文物储藏室(Artifact Storage)
出电梯有个工作台，前面有些标本，在标本旁边的桌子听取录音记录(音频日志3)，然后往门口走，从地上拾取文本记录(音频日志4)。
来到外面的天桥，这里是零重力区，往桥下飞过去，在第三道桥梁上拾取文本记录(音频日志5)。继续往下飞，落身到第四道桥梁，走到桥中央能看到一侧发出的橙光，用念力抓取静滞涂层(武器部件1)。
进到1号指挥塔，这里仍是零重力区，在开始的第一道桥梁往一侧的黑暗壁室飞过去，从壁柜里拿升级芯片(2)。往下看到纵横交错的激光线，开枪清掉它们，落身到第二道桥上，从护栏上拾取文本记录(音频日志5)。
穿过隧道清剿怪物，来到下一个零重力区，开始位于底层桥梁，往上飞过去清除空中的激光射线，飞到上层桥梁，往一侧壁室飞过去拾取外星文物(人工制品3)。回到桥上玩迷你游戏打开门，进到左转从地上拾取升级芯片(3)。来到下间屋子找到黄色物资箱，拾取升级芯片(4、5、6、)和塞拉诺的零件箱，从桌上拾取文物清单，本支线完成。
离开屋子到走廊清灭怪物，大怪会不断再生，打倒后逃跑。上楼梯再爬一道竖梯下去，从壁柜拿升级芯片(7)。本支线完成，返回主线任务。
回到主线，往前走到转译器前，在机器上仍输入之前的三个符号，附近地面有提示。走到石壁前开门进去。启动发电机进入零重力区，飞到空中拾取升级芯片(8)。沿着导航飞行，落身地面找到转译器，在上面输入提示的符号开门。
前面有圆形的增幅阵，它可以增加念力的力量，站在上面移动前面的蓝色石块，拾取远处脚手架上的升级芯片(9)。由打开的通路前行，清掉出现的自爆虫子，从石案上拾取小型标准框架(武器部件2)。
启动发电机，乘货运电梯上行，站到增幅阵上听到录音记录(音频日志6)，听完说明后观察石壁上的两个图案，左边是打开远古机器的，右边的是调整用的。转身看到四根可以改变弧度的柱子，站在增幅阵里调整每根柱子下部的光球位置，可以改变它们弯曲的形状，将四根柱子调整成石壁左侧的图案，如下图：
解锁一部终端机，跑过去放入译码器，看到远古机器照射下光芒，原来这座城市本身就是远古机器。
乘货运电梯下去，走到增幅阵上，在力场作用下飞行。前面是一道大门，在转译器上输入大门上方提示的符号，进到门里往左转是黑暗的小路， 从末端角落拾取外星文物(人工制品4)。往前越过增幅阵，从石块上拾取升级芯片(10)。
往前找到另一道大门，输入提示的符号开门，这里要靠声音来辨别符号，进到门里结束本章节。
第十八章：终极杀机(Kill or Be Killed)
人工制品：2
音频日志：3
武器部件：2
升级芯片：1
关卡开始往右边的箱子拾取酸性模块和电击模块(武器部件1、2)，再往左边上斜坡，启动发电机，从右边桌子上拾取文本记录(音频日志1)。沿通路前行，填入符号开门，往前来到红色庭院，和成群的小怪躲猫猫。在庭院的出口，有块岩石的顶部有只箱子，在它的下方角落是外星文物(人工制品1)。
往前输入符号开门，站到增幅阵上进行一段飞行。绕过石壁再次玩躲猫猫，清场完毕启动发电机，在旁边的桌上听取录音记录(音频日志2)。乘货运电梯上行，看到四座带旋翼的奇特装置。先往左边的箱子底部后取升级芯片(1)，然后沿着通道往左边绕过去，拾取外星文物(人工制品2)。接下来破解谜题，这里要站到两个增幅阵来旋转四座装置，让中央装置和周围三座装置的旋翼形状相对应，全部通过电流，解锁另一部终端机，将解码器放进去。
按原路返回到有两个图案的石壁前，站到增幅阵上，将四根柱子扭成如图的样子，在终端机置入解码器，这时看到丹尼克的穿梭机朝远古机器飞了过去。
接下来再次往远古机器方向行进，沿途出现统一教士兵，在最后的建筑外有三道红色卡槽，分别道左中右三座神像下取三只带有符号的电池，如下图的顺序插进去，打开正前方的大门。
进到圆形大厅听取一段录音记录(音频日志3)。接下来发射钩爪，沿着绳索和井壁往塔顶攀爬，其间有两只旋转的巨大齿轮，在接近时释放静滞技能延缓转速穿过去。井壁上还会出现喷吐的火焰，在喷射之前会有亮点提示，及时侧移躲闪。
爬至塔顶，丹尼克用艾莉作人质换去了解码器，用它关闭掉远古机器，瞬间飞沙走石，天崩地裂，卫星上的一只巨大生物狂暴滋长。艾萨克让艾莉和卡沃尔乘穿梭机离开此地，自己来处理余下的事情。
第十九章：终章(Endings)
人工制品：1
现在要赶往远古机器那里，要做的事情就是奔跑。路径是线性的，但有时间限制，稍有延迟就会死掉。在遇到封锁的道路，前方有触须怪的时候，往左侧绕到后面拾取外星文物(人工制品1)，此时解锁外星芯片组。
往前跑到增幅阵，往前进行一段远距离的飞行，躲避空中的碎石和生物，落身地面沿着导航方向奔跑，在洞里有工作台和防护服站，在这里进行整备，接下来进入最终的Boss战。
这只Boss是卫星上的巨大生物，它的弱点就是那三只巨大的眼睛。首先站到增幅阵里用念力抓取空中飘浮的尖锥状石头，将它朝巨怪的眼睛射击。瞎掉一只眼睛后，巨怪会朝地上发射茧蛹，从中跳出各种怪物，全部清扫掉。不久巨怪会张开巨口，企图将整块陆地吞噬掉，此时果断开枪打断两边的触须，接下来它的眼睛再次露出来，重复此前的操作。
解决掉Boss，发现卡沃尔并没有走，被巨怪吸往肚子里。用念力将他给拖出来，然后朝着他所在的陆地奔跑。两人一道重启远古机器，随后两人被卷入太空……
