DISK 1
ガ-デ-是一所私人经营的佣兵养成学院，而这所学园的经费完全是靠着将由此校毕业的学生，派遣到各地的政府以及军队后，所拥有的类似“佣金介绍费”之款项而来…… 而在这一届的准毕业生中有两个相当优秀的学生，它们分别是17岁的史克尔以及18岁的席法尔……
一天当实力相当的两人正在进行训练时，席法尔竟应用了被禁止的魔法，随后两人在一来一往的交战中，竟分别在对方的眉心留下一道伤痕……(史克尔的伤是由眉心到右下席法尔的伤是由眉心到左下)
不知道这场属于两人的战是打到何时，当史克尔清醒时，他人已经躺在保健室的病床上由医务士卡姆基照顾着了…… 没多久接到通知的即任教官─凯丝蒂也来了史克尔的病床旁边，跟着凯丝蒂教官走出保健室，两人一起走向教室…… 面对着因太有自我主张而常不服从命令的史克尔，想必也让凯丝蒂教官感到些许为难……所以一路上她一直交待着，要史克尔偶尔也要重视一下自己的人际关系…… 来了教室后凯丝蒂教官便宣布有关SeeD的选拔考试，成为SeeD团的一员，这可是此校学生最期望的事情了～但是对于史克尔来说这也是让他过着与“烦人的人际关系”无缘的日子最好的技巧了……所以他无论如何都要加入…… 下课后看着桌上的学习指引版，选了[予习 复习]后，拥有G F 的雷精─ケツァクウァトル(雷击属性进攻)雪神─シヴァ(冷气属性进攻)……
由教官口中得知SeeD的选拔考试就在学校东边的炎之洞窟举行，于是史克尔便离开教室准备前往学校的正门……
途中却被一個冒冒失失的转学生撞到，因为她只是一個刚到此地的转学生，于是史克尔便答应带她四处逛逛……
路上还可跟一名男子得到七张卡片，搭电梯来了一楼的大厅跟那名转学生介绍一番后，史克尔便独自来了学生食堂，但是原本在里面谈得正热络的风纪委员风神、雷神以及席法尔看见史克尔走进来后却静下来……隐约还听到有人说……
风神：“啊～那家伙进来了，我们就当做看不到他的存在巴!”虽然如此但是雷神还是偷偷地告知这些都是风神的主意，之后它们为了逮补冲进来却买不到面包的学生赛鲁追出去～在学校中除了记录点外还可看到发紫光的魔法抽取点，利用指令第一项ジャンクション中的アビリティ，再将ドロ-这个功能给装在史克尔身上就能够得到魔法抽取点的物品，此外在战斗时也可用这个来吸收敌方的特殊能力以及魔法!
接着来了正门与凯丝蒂教官会合，出了学校后往右走便来了炎之洞窟，在洞窟前有守卫询问要花多少时间，选好后就可进去了，到最深处打倒炎魔伊佛利特即可回到入口……
通过试验回到学校，凯丝蒂教官便向史克尔换好制服后，立刻到一楼的大厅集合，回到宿舍换上制服到大厅与凯丝蒂教官见面后得知为了要进行最终的试练，史克尔将要与另两个人组成一组，而另外的两个人竟然是因买不到面包的赛鲁以及史克尔的最大敌手席法尔，更遭的是席法尔还是这个小组的领导人(班长)……
看来史克尔的日子难过罗～
不过气焰高涨的席法尔也不能认同凯丝蒂教官的安排，正当众人吵成一团时，学园长シド出来摆平双方不满的局面，并得知这一次的最终试练要选出9位SeeD的成员，但是从A到D班一共有20个人进行选拔……看来只有精英中的精英才能加入SeeD，没办法只好三人一起合力了……
搭着车子来了海边的帕兰姆市，一下车就看到一艘潜水艇停靠在码头，搭上潜水艇后，三人便被指派任务─支援与军事强国卡鲁帕迪亚作战的杜鲁公国，靠岸后三人一路冲到中央广场，但是除了沿途的小兵外都没看到什麽敌方，就在感到无聊之际藉着狗狗的帮忙，三人反而发现敌方都进去山顶上的一栋建筑物之中，于是席法尔便下令攻进山顶的设施!路上碰到杜鲁公国的士兵，得知有许多卡鲁帕迪亚军进去位于山顶的电波塔……来了电波塔前窃听后知道敌方已经启动了发电装置，但是席法尔还是执意要进去一探究竟……甚至还初现了一個来传话的女学生セルフィ也跟着冲进去!进去电波塔搭电梯上楼便碰到在此地修理天线的毕库斯少佐，交战的途中却跑出会应用龙卷风的怪兽(可吸到GF)而且还把少佐及部下都给吹跑了……
打倒怪兽后来传话的セルフィ这才说出她所要传的话，那就是在30钟之内要B班全员回到海岸边……
不过在离开电波塔后却由身后追来另一個怪兽，将它打倒后就开始逃命，因为它会一直自我修复……
好不容易跑到海岸后靠着教官的机关枪才解决那只吓人的怪兽……
回到帕兰姆市后，在市区逛一逛顺便见见赛鲁的母亲后就能够回去学校报到了，不过在图书馆前与席法尔的一番谈话却让人感到不安……看来他对于撤退的命令仍无法释怀……
不过学园长却对身为B班班长的席法尔竟违反命令，私自带头攻进电波塔一事而处罚席法尔，罚他无法成为SeeD的正式成员，而在毕业后只能成为SeeD的候补者……
此时广播传来要众人前往二楼的走廊集合，来了教室可见到许多人，而席法尔的部下风神更是对席法尔被处罚一事感到不平，不久老师前来公布入选的名单……除了史克尔以外还有赛鲁、セルフィ等三个人成为正式的SeeD成员……
在认定式完结后跟学园长交谈可得到一個时计，接着来了教室外接受班上同学以及席法尔、风神、雷神等人的祝福，之后回宿舍换上SeeD的正装就能够去参加就任舞会了～就换是成为SeeD的一员，也不管其它人如何地鼓吹他放松一下，史克尔也只是静静地独自站在一旁看着流星……
但就在第一颗流星划破天际时，一位黑头发的女孩子来了史克尔面前主动向他搭讪，并开口邀请史克尔陪她跳舞……
虽然史克尔不理她，不料她却不放弃一定要史克尔陪她，就在史克尔说他不会跳舞后这女孩竟自告奋勇要教他，硬是把史克尔给拉到舞会的中心……(后面省略，超唬烂的～)舞会过后凯丝蒂教官下令要史克尔换上便服后陪她去一处被称为秘密场所的地方，换好便服来了训练施设前与凯丝蒂教官会合，两人便一起前往秘密场所，不过凯丝蒂教官找史克尔来此的用意是要跟他吐苦水，但是史克尔却一副不想听的表情，因为史克尔很讨厌别人在他面前发牢骚……
当两人准备离去时却听到女子的尖叫声，上前查到发现一名女子被怪兽给纠缠住了，打倒那只怪兽后随即跳下两名士兵把那女子带走，但是那个女子又是谁呢?……
回到宿舍时赛鲁告知SeeD成员将拥有独立的个人房，进去房间后史克尔很快地就睡着了……当次日起床时，史克尔接到了他成为SeeD后的第一项任务─进去迪帕市!拿了桌上的杂志后来了校舍前方的广场，经由学园长的告知得知这次的任务是要前往迪帕市支援当定的反政府组织，而被派去执行的是史克尔、赛鲁以及セルフィ三人，为什麽才这三个人呢?原来是对方所付的酬金少得可怜，而史克尔则是被任命为此次任务的领导人……(责任重大呀～)到帕兰姆市花3000元买车票搭列车前往迪帕市，在途中三人却感到昏昏欲睡，最终逐渐失去意识而进去梦境中～……
在梦中卡鲁帕迪亚的士兵拉库那、基罗斯以及温特在穿过森林之后，抢到了一辆军用车辆藉此离开此地，回到街上后三人决定去旅馆地下室的酒馆喝酒，顺便让ラグナ看看他爱的女孩，可是拉库那却始终不敢把真正的心意告诉那个每晚来此弹琴的洁利雅，今晚他好不容易鼓起勇气走向舞台时因为洁利雅忽然抬起头看着他，拉库那的脚竟不听使唤地麻木起来，最终他只好一瘸一瘸地走下舞台，那知一到舞台下他的脚又正常了……
也怪不得基罗斯及温特会嘲笑他……
在演奏完结后洁利雅主动来与拉库那交谈，此时他脚又瘸了……
之后洁利雅邀请拉库那到她的房中，在一番的深谈过后，洁利雅告诉拉库那要唱歌给他听……但此时……
三人在清醒过后来了迪帕市，将学园长所教的暗号告知等待的人后就能够搭上另一台列车，在列车上史克尔发现那晚与他跳舞的女孩正是反政府组织的首领─莉诺雅，而她所养的狗叫阿杰罗，接着跟莉诺雅谈过后她便带众人到秘室…… 在秘室中经过一番讨论后，决定趁现任的独裁大统领比萨的大统领列车到达迪帕市时给予绑架，而整个行动是………
1、黄色的列车是反政府组织的总部所在……
2、将蓝色的ダミ-列车改造成假大统领列车……
3、夺下最终面的护卫2列车……
4、移动到大统领列车……
5、以密码切断护卫1列车与大统领列车的连络……
6、在切断的护卫1列车与大统领列车中…………
将改造过后的假大统领列车及反政府组织总部……
7、以密码切段护卫2列车与大统领列车的连络……
8、让反政府组织总部与大统领列车在5分钟内分开……
好不容易将绑架了大统领后才发现这位是怪兽假扮的，在打倒他之后得知真正的大统领到迪帕市的放送局去了……
回到迪帕市四处打听得知在酒馆中有秘密通道可通往放送局，打倒酒馆前的士兵得到卡片进去酒馆后，再拿酒鬼爱的酒给他喝那他即会让路了(或把刚刚的卡片给他也能够)往前来了电视墙前却发现席法尔与凯丝蒂潜入会场，并挟持了正在演说的大统领，史克尔等人立刻赶往会场，不过席法尔却被忽然初现的魔女伊蒂雅给带走了……
在莉诺雅的带领下来了首领的家中避避锋头，之后决定离开此地前往学园东，离开首领的家跟瓦兹谈过后得知现在只有右方的列车能够行驶，于是我们往右来了车站……
在车站前的路上由佐恩手中得到五张通行证后就可到车站搭车前往学园东，到达学园东站下车后再穿过北边的森林，刚进去森林没多久，除了莉诺雅以外，其它人都倒了下去～……
拉库那、基罗斯以及温特这一次来了挖掘的现场，只要一直往上前进并打倒不少的士兵即可脱出，至于路上的炸药，就随便用好了……
当打倒悬崖边的士兵就可跳下悬崖……
穿过森林后一行人来了了ガ-デ-的嘉卡鲁帕迪亚分部，才逛没多久就听到广播要史克尔等人前往二楼的接待室……
进去接待室后凯丝蒂教官也跟着进来，她告诉我们关于暗杀大统领的事已经跟ガ-デ-之间没关系了，这一切都被判定是席法尔的个人行为，也得知席法尔已经被处刑了……
虽然牺牲一個席法尔能够挽救ガ-デ-的所有人，但是这种出卖朋友的事，就连赛鲁、セルフィ以及莉诺雅都坚决的反对，更别说曾是同伴的是史克尔……于是史克尔便跑出了接待室来了楼下，刚到楼下大厅就见到风神以及雷神，由它们口中得知被处刑的只是一個长得像席法尔的人，目的是要做给大统领看的，不过谁也不知道席法尔身在何处……
来了大门口与众人会合再与莉诺雅交谈后此地的学园长兼理事长杜特那便交待史克尔等人前往首都デリングシティ打倒魔女伊蒂雅，同时他也派了一位神枪手艾佛尼跟着我们!
搭列车花3000元就可坐到デリングシティ，跟着同伴交谈后列车开始行驶了，来了デリングシティ后得知大统领任命魔女为大使，接着我们就坐巴士到カ-ウェイ邸，但是守卫却不让史克尔等人进去，还说想见到カ-ウェイ大佐的话就要先去东北海边的王之墓，把掉在那边的武将上所写的号码给抄回来给他，才有够资格能见到カ-ウェイ大佐……
到王之墓把掉在地上那把剑上的号码抄回来后，就能够见到カ-ウェイ大佐，但是令人挂心的是莉诺雅被排除在这一次的行动之外……
真不知道カ-ウェイ大佐是怎麽想的……
跟着カ-ウェイ大佐四处去看看后回到カ-ウェイ邸，就能够开始行动了，但不是所有人都服从命令……
在史克尔来了大统领官邸后，凯丝蒂教官因为担心莉诺雅而带着赛鲁及セルフィ跑回カ-ウェイ邸，却被屋内的机关给困在房中，而莉诺雅则是天真以为能够骗魔女伊蒂雅，而偷偷翻墙潜入官邸，反而被伊蒂雅用魔法给抓住了……
接着伊蒂雅更在就任大使的仪式中杀掉了大统领……
此时被困在カ-ウェイ邸的凯丝蒂三人也顺利自上锁的房中逃出来～(PS：放杯子的架子、女子图、窗边的雕像)
而史克尔与艾佛尼也潜入大统领官邸，打倒里面的怪兽救出莉诺雅，接着打开出口右侧地上的盖子进到内部的钟楼!
此外凯丝蒂三人也来了了凯旋门的上方并拉下墙上的机关，虽然艾佛尼的进攻命中了魔女但是却被魔女却魔法给挡住!
见状史克尔只好冲上前准备除掉魔女但席法尔却站出来，将他打倒后再将魔女打倒，但是史克尔却因此身受重伤……
DISK 2
跳下悬崖逃难而身受重伤的拉库那来了一個小村子休养，一天小女孩前来告知在酒馆中初现一個身穿奇装异服的人，来了酒馆一看这才发现那个人竟是许久不见的好友基罗斯～由基罗斯口中得知自从那次由悬崖跳下后，他在病床上躺了一個月，不过有惧高症的拉库那比他更惨……足足在病床上躺了半年，幸好此地的村民义无反顾地照料他的生活，所以拉库那为了报达此地村人给予他的恩惠，他便担任起每日巡逻村子内外的工作，并将所发现的怪兽给一一消灭……
至于温特则是当官去了，目前他任职于是D地区收容所，而当初拉库那所追求的洁利雅，则是在爱的男孩子上战场却一去不返后而嫁给了カ-ウェイ少佐……
(……咦……)
离开酒馆从桥往南前进到村子的出口，沿途还砍了不少怪兽，接着就回到酒馆二楼见店主及小女孩，然后回家睡觉～……
被逮捕入狱的一行人除了史克尔以外都被关在一起，但是艾佛尼则是不知被带到何处，不久连莉诺雅也被强行带走!而被单独关在个人牢房的史克尔则是被席法尔严刑拷打，此时有只ムンバ偷偷送食物给赛鲁等人吃，但是却被守卫给发现并给了ムンバ一脚，赛鲁看不过去挺身相救(第1项)至于被严刑拷打的史克尔则是本来就不知道有任何秘密，于是便抱定宁可一死也不愿意说谎话来害到它人(第1项)在史克尔被电到晕死过去后，它们还把两只ムンバ放进来!为了逃狱，赛鲁、凯丝蒂、セルフィ便联手将狱警骗进牢房来，果然赛鲁成功地打倒狱警，之后来了楼上将两名士兵打倒后就能够把我们被抢走的武将都夺回来了……
带着ムンバ去救史克尔途中就发现几只ムンバ，跟着一直往上来了最上层就能够救出史克尔(好多ムンバ喔～～)之后要分开行动，首先让赛鲁留在第13层，而其它人则前往第一层，来了第一层走没多久就听到上方传来枪声，一夥人直觉是赛鲁出事连忙赶回去，果然就在半路上救到他!接着莉诺雅与艾佛尼两人也由楼上下来，不过爱摆poss的艾佛尼却被莉诺雅嫌走路太慢一脚把他从楼梯上踢下来～但是要脱出此地才是个大问题，因为据艾佛尼所言得知这个刑务所是在地底下，在此要分为两组，一组由史克尔带领往上前进，而另一组则由艾佛尼带着到第三层的ア-ム!史克尔这组终于来了最顶楼，碰到带着两只GIM52A的ガルバヂィア士官，将它们打倒后在第三层的艾佛尼便会启动ア-ム，之后经由通道逃出去，逃出去后进去旁边的建筑物中便可与艾佛尼等人会合再一起逃离收容所……
来了外面与セルフィ等人商量过后，为了阻止伊蒂雅用飞弹系统摧毁ガ-デ-，我们一行人又一分为二，一组由史克尔带着两位同伴前往ガ-デ-报告，而另一组则由セルフィ带着前往飞弹基地阻止飞弹的发射……
话说史克尔等人在夺取了一辆ガルバヂィア的军用列车，并向着ガ-デ-前进时，セルフィ等人也开着军用吉普车直接进去收容所东边的飞弹基地，换好制服进去左方的门中，再调查左门边右侧的读卡机后发现需要ID卡，幸好在车上有捡到一张ID卡，我们便靠它顺利的进去飞弹基地内部!因为身着ガルバヂィア的制服所以一路上不但能够跟士兵们打听消息还都不会碰到任何敌方，因此能够放心地前进，在记录点下面的地方打听消息再到记录点右方的格纳库找里面的士兵，接着回去记录点下方报告后便被委托前往变电室检查，来了变电室前面时得知现在是换班时间，在守卫离开后就可进去变电室，先把控制的系统破坏掉巴，破坏后立刻离开此处，至于守卫的询问就给他先回答第二项，接下来就回答(いま来たとこや)然后就随边编个理由把它们骗进变电室给予围殴，这样的话我们真正身份才不会被揭穿……
因为电源被破坏，所以来了接着来了格纳库(仓库)的我们便被整备兵要求来帮忙移动キヤリア(都选第一项)进去仓库站在两名装备兵之间就能够把キヤリア推回去，成功要求后，他即会要我们来帮忙确认飞弹下个进攻目标!嘿嘿嘿……开始动手脚巴……把落点的误差值设为最大，接着就把更改过的资料进行传送，操综完控制面板后再与附近的守卫交谈就能够进去上方管制室，进去管制室后因身份被揭穿只好打倒它们了，之后利用正面左方的飞弹发射装置中止飞弹发射此次的任务就算成功，顺便进去管制室隔壁去启动基地的自爆装置，就将时间设为20分巴，这样就能够利用房间右侧的门前往出入口所在的房间，快逃离此地巴!逃到外面后会初现挡路的敌方，在限时内将它们解决掉后四处却找不到出口，三人只好眼睁睁看着飞弹基地自爆了～而回到ガ-デ-的史克尔等人则是被卷入ガ-デ-内部的权力斗争，现在ガ-デ-分为─マスタ-派以及学园长派!
一刚进去ガ-デ-就有人问史克尔等人是支持那一派的，当然是回答学园长派了，但立刻初现怪兽，而且在ガ-デ-内部也初现了许多怪兽等着偷袭史克尔等人……
来了大厅见到风神、雷神后决定先找到学园长，先到所有的地方看看并帮助学园长派的人打倒怪兽，接着再来了大厅便可看见雪菲进去电梯之中，跟着来了二楼最深处即可由她口中得知学园长人现在在三楼的学园长派公室内……
来了三楼见到学园长后可得到一把可通往MD层的钥匙，接着就可藉着这把钥匙搭电梯前往放着未知装置的MD层!但是电梯行驶到一半时却因电力中断而停止了，打开史克尔所站位置下的紧急通行门后就可一直往下到底部的通道，再打开最里面的地板又可继续往下前进，在合力打开活门后就能够沿着梯子走到下面，接着由史克尔爬上梯子!中途梯子会掉下来让史克尔掉到另一個控制室中，启动右方的控制台后再爬上刚刚的梯子回到同伴身边，这时就能够打开下方蓝色的匣门并顺着楼梯往下爬到有记录点的地方!此时扳动一旁的开关即可开启大门，但是在我们要前往大门时却从池中跑出两只大的吸血怪，用火烧死它们后就可进去大门内，在里面史克尔等人见到了那个未知的装置，在启动之后史克尔等人便被传送到学园长室，接着整座ガ-デ-居然飞了起来，更不要讲那些命中率奇烂无比的飞弹了……
此时的ガ-デ-因为飞弹进攻事件使得权力斗争的事情渐渐被遗忘了，来了二楼最深处打开门前往阳台看过后，回到学园长室就能够让ガ-デ-降落在海面上了…………
次日到大厅得知マスタ-要见史克尔，搭电梯到地下楼见到マスタ-后讲没几句(魔女伊蒂雅跟学园长是夫妇!?)
双方就打起来，此时灯会照着蓝、黄、红的顺序来变化，当变成红色即会施展各种魔法，此时只要直接进攻就可让它变回蓝色，然后就努力打巴～(可从マスタ-身上吸G F)打倒后就到医务室找医生并见到学园长，接着回到大厅可得知有不明的舰艇靠近此地，到了二楼阳台从那些自称是魔女伊蒂雅之SeeD的船员口中得知它们是来见学园长的，接着学园长便要我们将エルオ-ネ给带到这来，来了图书馆见到她，在エルオ-ネ跟着那些船员离开后，史克尔却对于所发生的一切感到不可置信，也让他回忆起自己的童年……
次日ガ-デ-偃然成为酷斯拉第二而撞到了F H站，所以学园长便要史克尔前往F H站长的家跟此地居民道歉～
由阳台处前往位在一堆太阳能反射镜中央的站长家之后，虽然道了歉但还是被杜普站长给扫地出门，其实史克尔也感觉这老头真是无理取闹，居然一直骂ガ-デ-是暴力团体!准备回ガ-デ-时，却发现卡鲁帕迪亚军正在袭击此处，而杜普站长竟独自一人前往车站要与卡鲁帕迪亚军交涉……
在接受芙罗站长的委托后我们便随后赶往车站，幸好有跟过来才能救出杜普站长并打倒卡鲁帕迪亚军，接着将巨大机器打倒后许久不见的セルフィ等三人又回来了……
到车站右上的工作室中与老人交谈，就能够回ガ-デ-，回去后先到中庭安慰因舞台损坏而难过的セルフィ，接着就来了学园长室向学园长报告，之后学园长便决定向魔女伊蒂雅宣战，而史克尔就被学园长任命为此次行动的指挥官……
听说史克尔被任命为指挥官的同伴们决定办一個音乐会，所以也要将各人所负责的乐器都分配好……
乐谱(1)ギタ-………………
フィドル………………
タッブ………………
フル-ト
乐谱(2)ギタ-………………
ベ-ス………………
ピアノ………………
サックス
乐谱(3)随便配合………………
随便配合………………
随便配合………………
随便配合……
晚上跟着莉诺雅来了会场听音乐(第一首最好)在演奏途中跟莉诺雅到会场右方的地方谈了一下，就能够回去休息～
次日史克尔委员长来了学园长室的顶楼后，就由尼塔驾驶着ガ-デ-离开这个地方，而我们的目标则是帕兰姆……
(先当北方雪原中的シユミ村能够打听到拉库那的事，见过造像者再去见长老，接着找造像者并答应帮忙的话，他即会请我们帮他找到影、风、命、水、青石～……
青─就在拉库那的石像旁……
风─在村中的走道旁……
命─就在大树的根部……
影─在影子线条交会的地方……
水─水池中以及水槽内都有……
都给造像者后，再去见长老可拥有不死鸟的羽毛!)好～到帕兰姆巴!此时的帕兰姆已经被卡鲁帕迪亚军给占劣邙无法自由进出此地，不过我们还是骗过了守卫进去，而且还打听到司令官就住在帕兰姆的旅馆之中……
进去后到赛鲁的家可见到赛鲁之母及另一对母子，那个小孩子决定帮我们打听消息就跑了出去，而司令官出去巡逻而不在旅馆内，在赛鲁家隔壁的民房可再见到那个小孩子!来了码头得知指挥官常藉巡逻的藉口跑来此地钓鱼，刚刚指挥官就带着钓到的鱼说要去烤鱼了……
接着到入口与守卫交谈，藉此让那小孩子能够和外面的人连络，当小孩子离开后回到赛鲁家门口就可见到那个孩子，看来他已经找到离开帕兰姆的路了，但是我们还不想离开!回到赛鲁的家后由母亲口中得知刚刚有人来这边烤鱼，所以史克尔等人身上也沾到了这种烤过鱼后的味道……
来了码头后侦查犬一闻到我们身上的味道，就急忙跑了，看来它是闻到一样的味道了……
一路跟着它来了车站的列车旁，没想到我们居然看到匆匆自列车上逃走的雷神……
来了旅馆前见到因偷懒被处罚的指挥官─雷神，把他打倒后进去旅馆可见到司令官风神，这一次要将它们打倒了……
解放了帕兰姆后下一步セルフィ建议我们往东北，到她的母校多拉毕雅ガ-デ-，此地因被飞弹击中而有所毁坏，翻墙爬进去后发现此地尚有人存活下来，而它们也志力于重建学校的工作，来了校舍往左可到运动场往右可到电脑室，在电脑室可看到藏宝日记说由石像往南走五步可找到宝物!接着前往石像右方的墓地，セルフィ正在那告诉她过逝的朋友她已经达成开演奏会的心愿了，再来就是前往运动场，但是那颗未爆弹真是让人担心，来了运动场等セルフィ过来与我们会合后，众人分别说出为何要参予这场战斗的心事，其中艾佛尼提到位在大陆西海的孤儿院─石之家，竟是除了莉诺雅以外的其它人曾待过的地方，我们决定前去看看～来了大陆西南角落的孤儿院后发现已经是空空的了，但是在孤儿院旁边的森林上方却发现了魔女伊蒂雅的ガ-デ-，决定与它们交战了，在向校内广播后就到楼下与同伴会合!但是赛鲁与莉诺雅却不见了，于是史克尔决定先通知各学生前往预定的位置，并前往指挥部所在的校庭，在校庭中见到原本在睡觉但一听到广播就醒过来的赛鲁，赛鲁还向史克尔借戒指，并约定好等这一战打完后就借还回来…………
回到学园长室后卡鲁帕迪亚军在席法尔的带领下，大举侵入ガ-デ-，而赛鲁这边也向着校庭最内部前进，途中赛鲁还将向史克尔借的戒指交给莉诺雅，不过莉诺雅却不小心滑落到悬崖下……虽然她紧攀着岩壁让自己不会掉下去，不过在上方的赛鲁等人却没办法去救他，只好向史克尔求援了～来了大门跟史克尔报告莉诺雅发生危险后，史克尔便下令分为三组，两人与他到教室去帮助遇袭的少年部队，其它两人就一個留在大门与雪菲合做，另一人则是去救出莉诺雅!到教室解决来袭的空中部队后听到医务士卡姆基的广播，立刻前往学园长室见卡姆基，目前敌方的进攻虽然已停了下来，不过我们也不能老是处于被打的情况，于是史克尔决定深入敌方的阵地，或许能够扭转整个局面甚至反败为胜……
不料这项决定竟拥有全体学生的支持，于是全体的学生也全面性的支持史克尔的行动……(没关系～我们给你靠～)来了二楼得知有个叫马克的少年不见了，到教室外就能够看到他，跟着他走向里面后敌方却袭击过来……受了伤的史克尔只好靠在紧集逃生出口旁偷偷按○(あたりを见回す)接着再偷偷按下门旁边的(非常用スイッチ)
摔出去后将那个敌方打倒还能够顺便救到莉诺雅，两人便一起攻入卡鲁帕迪亚军的阵地之中，在一楼能够看到三扇电子门，这些门要得到各别的钥匙才能打开，在二楼除了可见到雷神及风神，还可在宿舍内得到第1号的钥匙……
回到一楼进去第1号的门来了溜冰场，经右上的门出去后到教室可跟学生得到第2号的钥匙，离开教室后往南走打开第2号的门，接着到三楼打开第2号的门再前往楼上，然后就跳到一楼的中庭，在此有地狱的守门犬─克鲁贝洛斯!打倒它之后往下走到教室能够取得第3号的钥匙，利用这个就可打开通往魔女房间的电梯了……
来了魔女的房间后席法尔又挡了出来，这一次席法尔还骂史克尔等人是不是把伊蒂雅的恩情给忘光了，把席法尔打倒后伊蒂雅又跑掉了，离开魔女的房间往右来了了大议堂……
来了大议堂再将席法尔打倒后，魔女伊蒂雅即会对我们展开进攻，因为是魔女所以魔法非常厉害，尤其是即死术，在对付她的时候记得用攻防术(把魔法弹回去)将伊蒂雅打倒后，这一次却换成是莉诺雅倒了下去…………
DISK 3
虽然打倒了魔女，但是莉诺雅却始终昏迷不醒，而且也不知道席法尔到到那去了……更不确定伊蒂雅是不是坏人……
来了保建室看望莉诺雅后，凯丝蒂却广播要史克尔快点前往孤儿院─伊蒂雅之家，原来是伊蒂雅妈妈回来了……
来了孤儿院见到学园长以及伊蒂雅后，得知在这段时间中伊蒂雅的心被名叫阿鲁迪米雅的未来世界魔女给支配住……
而这名魔女的目地就是要靠着伊蒂雅来拥有エルオ-ネ，原因是エルオ-ネ拥有一股不可思议的力量……
看来想要让莉诺雅清醒的话就要找到阿鲁迪米雅了，但要如何前往未来呢……
(时空转移……不行这又不是TOP)
来了保建室看看莉诺雅……但她全身上下还是冰冷的……
拉库那现在成为一部电影的男主人公，当他扮演着打倒恶龙拯救公主的骑兵时，管物品的基罗斯不知从那弄来一头真的火龙，差点害拉库那丢了小命，阻止火龙继续前进后，逃到山下时基罗斯就跟过来了，终于有武将能够打倒火龙了……
为了找到エルオ-ネ，史克尔前往孤儿院询问伊蒂雅有关白之船的下落，据她所说那艘船就停在此大陆的某个海湾，到孤儿院上方那个放射状大海湾就可找到白之船……
到白之船上可见到佐恩以及瓦兹，但是エルオ-ネ却不在船上，原来她会了保护船上的人而跟艾斯达军的人走了……
来了F H站准备搭列车前往艾斯达的领土，寻找对于魔女有相当研究的欧坦恩博士，下了列车后往前却来了一片银色的世界，而且此地的空气怪怪的……
原来是龙骨之山……
走到一半却跑出骨骸龙，把它给打倒后(用回复术对付)往右走发现怪怪的，调查一缓筢上方就初现一扇门，顺着爬上去后搭上电梯，最终竟然来了一個高科技的奇幻都市……
拉库那现在成为一個苦命的小囚犯，不但没说话的自由，甚至连三餐都被剥削掉了，为此拉库那不愿再被欺负，而打死了一名士兵，接着把赶来的其它士兵除掉，逃出研究所后从欧坦恩博士的助手口中得知，エルオ-ネ被欧坦恩博士给带到这来了，再进去里面找到欧坦恩博士，但是他却逃之夭夭坚持不说出エルオ-ネ的下落，跟着他到外面逼他说出来后，得知エルオ-ネ现在就在博士的研究所，在研究所二楼解除一楼的门之后，进去一楼的门即可救到エルオ-ネ……
见到欧坦恩博士后，他答应让我们见到エルオ-ネ，不过得要把莉诺雅交给他观察，之后我们便离开这座都市向东北的ルナグ-ト前进，到达ルナグ-ト后史克尔便带着莉诺雅及一位同伴搭发射器被射往外太空了，而其他的人则是因为有不明物体压境，立刻赶往艾斯达首都的魔法研究所……
在所内与欧坦恩博士谈过后得知作战计划，离开研究所后就进去右方的管线通道中，走出去后改往上方的通道走，接着就登上楼梯往左前进(必须在13分～15分之间到达)
到达后打倒士兵就能够进去船舰内部，反正途中即会被踢出来了，至于到史克尔等人则是顺利来了太空船上…………
将艾斯达大使所给的介绍信交给来的人之后，立刻将莉诺雅送往医疗室，而之后史克尔等人则是被请到制御室，跟着来了楼上后，再进去下方的电梯上楼即可见到エルオ-ネ，带着エルオ-ネ来了制御室可知道月球发现变化，要到医疗室的时候却发现医疗室发生事情，于是史克尔便叫另一位同伴陪エルオ-ネ留在制御室，自己则前往医疗室看莉诺雅!可是莉诺雅却不在医疗室内，来了制御室却发现莉诺雅如同行尸走肉般地到控制台，她还解除了对魔女的封印装置!当史克尔要阻止莉诺雅时，一股力量将史克尔弹得老远，一切都来不及了……
魔女亚蒂鲁已经准备要复活了……
来了楼上的出口(穿太空服的地方)能够见到莉诺雅由左侧的出口出去，换上太空服追过去，但是却无功而返，回到制御室后得知月球的怪兽已经向地球侵入了……
之后跟着众人搭逃生艇脱出，但是又不能让莉诺雅成为宇宙的星尘而消逝，所以史克尔在エルオ-ネ的鼓励下冲出去找寻莉诺雅，救到她之后回到太空船上，接着就要面对八只大怪兽(有红、紫、黄、绿四种)把它们全都打倒，就能够从电梯到控制室，之后就能够跟莉诺雅回到地球上了……
Eyes on me……
Whenever sang my songs……
On the stage, on my own……
Whenever said my words……
Wishing they would be heard……
I saw you smiling at me……
Was it real or just my fantasy……
You'd always be there in the corner……
Of this tiny little bar…………
My last night here for you……
Same old songs, just once more……
My last night here with you?……
Maybe yes, maybe no……
I kind of liked it your your way……
How you shyly placed your eyes on me……
Oh,did you ever know?……
That I had mine on you……*……
Darling, so there you are……
With that look on your face……
As if you're never hurt……
As if you're never down……
Shall I be the one for you……
Who pinches you softly but sure……
If frown is shown then……
I will know that you are no dreamer……
So let me come to you……
Close as I wanted to be……
Close enough for me……
To feel your heart beating fast……
And stay there as I whisper……
How I loved your peaceful eyes on me……
Did you ever know……
That I had mine on you…………
Darling, so share with me……
Your love if you have enough……
Your tears if you're holding back……
Or pain if that's what it is……
How can I let you know……
I'm more than the dress and the voice……
Just reach me out then……
You will know that you're not dreaming……
*……
repeat……
到地面后莉诺雅便被艾斯达的人接走，而再次进去太空船的史克尔也在里面与同伴会合了，接着搭电梯到控制室，并驾驶这艘太空船前往艾斯达的国立魔女研究所救出莉诺雅!救出莉诺雅后带着她前往孤儿院，一进去可看到狗往左跑过去，跟过去后即会剩下史克尔及莉诺雅两人，不过立刻就有人通知在艾斯达的大总领官邸有变……
前往大总领官邸的大总领办公室，坐在沙发上不久就见到欧坦恩博士匆匆离去，接着离开办公室往左前进，在里面的控制室我们见到大统领以他的左右手基罗斯及温特，至于那个穿便服的男子就是艾斯达的大统领─拉库那……
决定到ルナグ-ト救出エルオ-ネ，来了ルナグ-ト后直接用太空船(以后称飞空艇)去撞上方的基地就可进去了!一进去先打倒雷神、风神，之后进去1号门，又可见到雷神与风神，打倒怪兽后(在它分离离时不要打，以免全灭)往里面就可见到席法尔，打倒他之后莉诺雅竟被挟持了……
DISK 4
从第四片这开始就是开始打魔女军团，最终我们来了了孤儿院，再往前走即来了魔女所居住的封印之城，一踏入封印之城后我们的能力便会被夺走，必需要打倒一只又一只的怪兽才能将这些失去的能力都取回来，至于那些青色的魔法阵则是让两组人马互相移动的，最终只要将魔女打倒就好了～
结局
FF系列有史以来结局最长的一次……
嗯～不知道各位在玩以及看到结局时有没有感觉到爱呢?……
